C'est la toute première fois qu'un épisode de la série Zelda est entièrement basé sur l'océan et le monde aquatique, qui plus est le jeu adopte un style graphique révolutionnaire : le ceel shading, autrement dit des graphismes de dessin-animé. The Wind Waker est donc une révolution comme l'a été Ocarina of Time, bien que le nombre de donjon soit assez réduit, les expressions faciales de Link, l'histoire et la magie du jeu le rendre exceptionnel.
